根据《个人所得税法》的规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。所以，在一般情况下，业务分包出去，个税由谁来代扣代缴，要看支付所得的单位或者个人是谁，谁就是扣缴义务人。但是，对于施工项目的业务分包，有其特殊规定。
例如，A公司为某一施工项目的总包方，现将部分劳务分包B公司，合同约定A公司直接将分包费支付给B公司，A公司代为发放B公司员工的工资。该种情况应由谁申报个税呢？
于 2024 年 5 月 1 日起实施的《保障农民工工资支付条例》中明确规定，施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况负有监督与连带责任，推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。此外，《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函[1996]602号）第三条规定，扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。该条款目前仍然有效。
可见，总包方代发分包单位农民工工资的，在总包方与分包方签订代发协议时，要明确相关的个税扣缴和申报义务。总包方根据分包方提供的按月编制的工资表，代为发放。对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位是分包方，也就是说，分包单位为个税扣缴义务人。这与《个人所得税法》规定的以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人，看似矛盾，实质上是同一的。因为实质上，分包方才是真正的支付所得的单位，总包方只是代为发放而已。
