行政单位是指承担政府行政职能的部门和机构，事业单位是承担公益服务和公共管理职能的机构。两者最大的不同之处，就是其机构性质和职能范围不同。
1、人员身份和使用编制不同，适用的管理规范也不一样。行政部门为政府直接管理，或者委托部门管理，使用行政编制，按照《公务员法》管理规划。行政部门的工作人员中，使用行政编制的是干部身份，为公务员，使用工勤编制的是工人身份，是辅助人员，不能登记为公务员。事业单位则统一使用事业编制，按《事业单位管理条例》统一规范，实行岗位管理责任制，分为管理岗位和专业技术岗位、工勤岗位。管理岗位和专业技术岗位人员身份为干部，工勤岗位人员身份为工人。
2、隶属关系不同，级别不一样。行政部门都是隶属政府管理，比如人社、发改、财政等；或者是由政府委托部门管理机关，比如国资、规划、医保等。事业单位有直属党委政府管理的，比如党校、金融办等；但多半是行政部门下属事业单位，比如人社局下属社保、就业，住建局下属城管、房管等。事业单位的级别设置，一般要低于行政部门，最高与行政部门持平。比如县级行政部门为正科级的，其下属部门为副科级、股级，最高设置为正科级。
3、个人待遇不一样。行政部门招待的是公务员的职级工资待遇，事业单位按岗位不同，有参照执行公务员职级工资的，有执行管理岗位工资的，有执行事业人员工资的，有执行专业技术人员职称工资的，还有工勤人员执行的工人级别工资。从总体收入水平来看，公务员平均工资高于一般事业人员和初级职称的专业技术人员，也高于工勤人员；专业技术人员中级以上职称工资，则远高于其他人员。
