医学会鉴定

医学会的鉴定行政性多一些，鉴定人是临床医学专家，医疗事故技术鉴定专家库根据医学专业划分领域，根据具体的案件选择专业领域，然后根据医患双方的抽签选取具体的鉴定专家，具体案件的专家能够具备本专业领域的专业水准，鉴定开始前鉴定专家保密规定，听证程序对双方的陈述和接受专家询问，鉴定结论采取合议制。具体医疗纠纷案件中的诊疗过错、损害后果及两者之间的因果关系，医方诊疗过错因素和疾病等其他因素对患者人身损害的责任程度大小能全面分析，有其自身的鉴定优势。
鉴定专家采用聘任制，缺乏严格的客观考核标准，无强制性的鉴定人入选资格要求，鉴定时的专家随机产生，鉴定的主观性强和鉴定水平差异，不存在错案评判标准和追责机制，因为采用专家合议制，鉴定专家一般也不接受质询，鉴定专家的责任心会受到影响。
医学会的鉴定不足之处，首先医学会的特定点，医学会主要负责学术交流、继续医学教育和医疗事故鉴定等，各级医学会都有相应的专科分会，辖区内的医学专家担任分会委员，而成员同时也是鉴定专家库成员，学术会议、日常进修、交流学习，相互之间熟悉，存在熟人间鉴定的问题，另外存在鉴定的性质部门或者鉴定人员的不恰当引导和干预，都可能存在影响鉴定独立性、中立性的问题，这也是医学会鉴定收到诟病的因素所在。

司法鉴定

司法鉴定，是医疗机构的诊疗行为是否存在过错，该医疗行为与患者的损害后果之间是否存在因果关系，以及过错医疗行为在损害后果中所占的比例大小等专门性问题进行技术判断，出具鉴定意见。而司法鉴定，司法鉴定人多是非临床人员，一般由法医组成，不具有临床医师资格和相关的临床专业知识，有些存在脱离临床一线的技术、设备、诊疗理念、规则情形，可能有一定的滞后性，有时需要借助外聘专家，进行鉴定。目前司法鉴定的相关法律制度不健全，关于回避制度尚未建立统一的规章制度，鉴定灵活性大，相对而言可信度、规范度待提高。鉴定意见的论证不充分，鉴于医学的复杂性，疾病诊疗方案不唯一，各类药物机理不同，各地医疗水平差异，许多鉴定机构的鉴定意见分析不完整、不充分，权威依据不足，跳过论证过程直接得出结论，而法官限于医疗知识的缺乏，机械运用鉴定结论裁判的问题突出，存在大量以鉴代审的问题。