1999年8月，江西丰城一周姓农民因不满政府对农民征税过重，整理了中共中央和江西省委的关于减轻农民税负负担的文件并散发，并带动了农民抵制不合理合法的费用上缴。周姓农民因此被乡政府带走，并在两天后非正常死亡。
事件激发了附近四个乡数万的农民包围该乡，包围并捣毁了当地乡镇府。事件中，愤怒的农民们先把乡长和一名乡干部从二楼扔下，又把二人活埋于乡政府的一个大坑中。当夜，大批警察被江西省调派至丰城，事件中为首的人员逃入山中。
8月31日，中国国务院召开紧急电视电话会议，罕见地要求乡镇一级的两个正职全部参加。会上通报了多起因农民相关税务征收的人员死亡事件引发的重大群体事件。时任国务院总理朱镕基和分管农业的副总理温家宝作讲话。
会议中强调了并要求全国立即停止以强制手段征收上缴。2000年起从安徽开始试点并逐步扩大范围，到2003年在中国大陆全境铺开，推行农村税费改革。
取消乡统筹、农村教育集资等专门向农民征收的行政事业性收费和政府性基金、集资，取消屠宰税，取消统一规定的劳动义务工；调整农业税和农业特产税政策；改革村提留征收使用办法。
2004年开始，取消牧业税和除烟叶外的农业特产税；实行取消农业税试点并逐步扩大试点范围，对种粮农户实行直接补贴、对粮食主产区的农户实行良种补贴和对购买大型农机具户的农户给予补贴；吉林、黑龙江8个省份全部或部分免征了农业税，河北等11个粮食主产省区降低农业税税率三个百分点，其它地方降低农业税税率一个百分点。
2005年上半年，中国22个省免征农业税；2005年年底28个省区市及河北、山东、云南三省的210个县（市）全部免征了农业税。据全国人大常委会预算工作委员会有关负责人介绍，50多年来，我国财政收入结构发生重大变化，农业税所占比例已大幅下降。
1950年，农业税占当时财政收入的39%，可以说是财政的重要支柱。
1979年，这一比例降至5．5%。从2004年开始，中央决定免征除烟叶税外的农业特产税，同时进行免征农业税改革试点工作。
2004年，农业税占各项税收的比例进一步降至1%。
2005年12月，十届全国人大常委会第十九次会议通过决定，自2006年1月1日起废止《农业税条例》。
2006年1月1日起，我国全面取消农业税，农业税已成为历史中国历史上有记载的农业税收为春秋时期（前594年）鲁国实行的“初税亩”，汉代叫“租赋”，唐朝称“租庸调”，国民政府时期叫“田赋”；期间在历朝对税制多次进行改革。
1949年中华人民共和国成立后，也未停止征收农业税。中国为传统的农业国，农业税收一直是国家统治的基础，国库收入主要来自农业税收。
从现代意义来看，农业税一直被农民称为“皇粮国税”，尽管农民负担问题一直困扰中国大陆，但农民一直认为纳税是一种义务，对农业税未有对抗心理。到2005年废止农业税制共计实行了整整2600年。
